Jean de Viguerie est le fils de l'ingénieur Nicolas de Viguerie, fonctionnaire au sein de l'institution qui deviendra bientôt l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture. Sa famille ? profondément catholique ? appartient à la noblesse française et entretient une proximité intellectuelle avec le maurrassisme. Dans ses mémoires, Viguerie rappelle notamment l'admiration de sa famille pour le pape anti-moderniste Pie X et le rejet par ses parents du pangermanisme autant que du « paganisme hitlérien ». En 1938, lors de la visite d'Adolf Hitler à Rome, où elle vit, sa famille s'installe temporairement à Florence pour éviter les rassemblements pro-nazis de la capitale.

Après avoir soutenu son diplôme d'études supérieures en 1956, il obtient l'agrégation d'histoire en 1959, et effectue son service militaire en Algérie en 1961-1962. Selon lui, il est alors employé par l'armée française « à enseigner à de jeunes Maghrébins des bidonvilles d'Alger ».

Il est docteur d'État en 1973. Sa thèse porte sur les prêtres de la doctrine chrétienne. Selon Raymond Darricau, spécialiste de la spiritualité et de l'histoire religieuse du XVII siècle français, elle constitue « un progrès énorme dans notre connaissance du mouvement philosophique de l'époque moderne ».

Il devient doyen de la faculté des lettres de l'université d'Angers.

Ses travaux portent notamment sur l'histoire de l'éducation et de l'Église au siècle des Lumières. Il a également contribué au Livre noir de la Révolution française de Pierre Chaunu en 2008.

Professeur émérite de l'université Lille-III, il est membre de l'Académie des jeux floraux. Il anime également la Société française d'histoire des idées et d'histoire religieuse.

Pour le journaliste Jean-Yves Camus, spécialiste de l'extrême droite, les écrits de Viguerie sont liés à la Contre-révolution.

En 1973, il intègre comme vice-président le comité directeur du Centre d'études politiques et civiques pour lequel il a été conférencier en 1968. En 1992, il devient membre du conseil scientifique du Front national (FN).

Proche de la Fraternité sacerdotale Saint-Pie-X, Viguerie rédige la « Déclaration des trente universitaires catholiques » du 1 décembre 1976, notamment signée par Guy Augé, Yvonne Bongert, Jean-Pierre Brancourt, Jean Barbey, Marguerite Boulet-Sautel, Marcel De Corte, Hubert Guillotel, l'historien Roland Mousnier ou encore Georges-Henri Soutou. Dans cette déclaration, lesdits universitaires rappellent « la communion de pensée qui les unit à M Lefebvre », leur profond regret du « mépris affiché par tant de clercs pour la culture gréco-latine » et « que de nombreux prêtres et la plupart des évêques n'enseignent plus aux chrétiens ce qu'il faut croire pour être sauvé ». Enfin, ils « espèrent en une renaissance de l'Église » et demandent « au pape l'entière justice pour le peuple fidèle ». La déclaration est publiée intégralement dans Le Monde du 17 décembre, puis dans L'Aurore du 31 décembre et, de façon partielle, dans Le Figaro du 2 décembre 1976. Viguerie renouvelle publiquement cet engagement en 2005, lors d'une conférence intitulée L'année 1976 de M Lefebvre, donnée dans le cadre des Journées de la Tradition à Villepreux, dans les Yvelines : « je signerais encore aujourd'hui ce texte des deux mains. Je regrette seulement de n'y avoir pas fait mention de la messe ».

Il fait par ailleurs partie des premiers contributeurs du journal Présent, fondé en 1982, et des chroniqueurs de L'Homme nouveau de 2012 à sa mort.

En 1995, il intègre également le Conseil d'études hispaniques Philippe II ? sur invitation de son président, le juriste et philosophe Miguel Ayuso ? et contribue activement à sa revue, Verbo, jusqu'au début du XXI siècle. C'est une revue bimensuelle fondée en 1961 à Madrid, qui diffuse un catholicisme traditionaliste.

Jean de Viguerie meurt le 15 décembre 2019 à Montauban, aux côtés de sa fille Constance. Ses obsèques sont célébrées le 20 décembre suivant, par l'abbé Daniel Séguy, en l'église Saint-Barthélemy de Verlhac-Tescou, dans le Tarn-et-Garonne, où il est enterré.