Yves Krumenacker est élève de l'École normale supérieure de Saint-Cloud (1977) et agrégé d'histoire (1981).

Il est professeur d'histoire dans l'enseignement secondaire de 1981 à 1989. Il soutient une thèse de doctorat intitulée Les protestants du Poitou au XVIII siècle (1681-1789) sous la direction de Jean Delumeau, en 1993, à l'université Paris-I. En 1989, il est nommé maître de conférences en histoire moderne à l'université catholique de Lyon puis, à partir de 1998, à l'université Jean-Moulin-Lyon-III.

Il présente en 2000 un mémoire d'habilitation universitaire, intitulé Christianisme et société ; Protestants et catholiques français, XVII???XVIII siècles. Il est promu professeur d'histoire moderne en 2004 à l'université Lyon-III. Il est professeur émérite.

Il est membre senior de l'Institut universitaire de France de 2008 à 2013. Il est membre de l'axe « Religions et Croyances », au sein du LARHRA.

Il travaille principalement sur l'histoire religieuse de la France moderne, notamment sur la spiritualité du XVII siècle et sur le protestantisme.